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（１）生体内ペプチドの分離、精製、構造決定に関する研究
生体内ペプチドをそのままの形で取り出し、分離する方法を確立、普遍化するとともに、 物性（分子量、疎水性、電荷等）、構造、存在量、プロセシング等を系統的に調べ、 それらを入力したファクトデータベースを構築する。また、これを実施するためペプチド構造解析法の超高感度化を図る。（概念図）
1. 抽出、分離、精製、構造決定法に関する研究
生体内ペプチドを生体内に存在する形で取り出す抽出方法、生体内ペプチドの物性（分子量、疎水性、電荷等）に基づき効率的に分離する方法を確立、 普遍化し、さらにエドマン法による構造決定法の高感度化を進め、データベース構築に必要な情報を収集可能とする。 （研究分担者）
2. 質量分析法による生体内ペプチドの超微量構造解析に関する研究
生体ペプチドを網羅的に比較、構造解析できる方法の確立を目指し、質量分析法による超微量構造解析法の開発を行うとともに、 構造解析が短時間かつ確実に行えるソフトウェアを開発する。さらに、ペプチドの質量分析データーを蓄積、比較する方法の開発も行う。 （研究分担者）
（２） 生体内ペプチドの生物活性、受容体と立体構造に関する研究
生体内ペプチドの生物活性、受容体などを系統的かつ高感度に調べる方法を 研究開発するとともに、立体構造、受容体の同定とその相互作用を研究し、 医学、生物学系研究を中心に多角的に利用できるデータベースの構築に必要な情報の収集方法を開発する。（概念図）
1. 培養細胞を用いた生物活性と機能検索に関する研究
種々の組織や動物種由来の培養細胞を用いて、生体内ペプチドの生物活性を効率的かつ系統的に 検索、同定できる方法を開発する。特に幅広く生物活性を検出できる方法論の開発を目指し、 培養細胞の多様化、活性測定法の高感度化と多試料処理化を目指す。 （研究分担者）
2. 機能蛋白質発現系と分化発生系を用いた生体内ペプチドの生物活性と機能検索に関する研究
脳神経系で機能する受容体、イオンチャネル、トランスポーター等の機能蛋白質の 特異的発現系を培養細胞にて作製し、生体内ペプチドの活性を広範かつ高感度に 検出可能なシステムを開発し、これらに対して調節機能を示す生体内ペプチドを検索、同定する。 （研究分担者）
3. Ｇ蛋白質共役型受容体を用いた生物活性と機能検索に関する研究
生体内に存在するペプチドの受容体を同定しその機能を解明するために、 Ｇ蛋白質共役受容体に対する普遍的で高速なリガンド検索システムを開発する。 これを用いて、生体内のペプチド画分を網羅的に検索してオーファン受容体のリガンドを同定する。 （研究分担者）
4. 分子設計を用いた受容体との相互作用、立体構造に関する研究
活性ペプチドの受容体構造、受容体結合構造などの情報を収集し、 一次構造より溶液構造、受容体結合構造などの推定方法の確立とデータベース化を行う。 これらを活用し、機能未知のペプチドの受容体結合構造や活性の推定方法、新しい創薬方法などを開発する。 （研究分担者）
（３）機能的データベース構築に関する研究
生体内ペプチドのファクトデータベースの構築と維持のためのシステムを開発する。本研究で確立した方法により生体内ペプチドを分子量、疎水性、電荷などにより インデックス化し、多様な情報とともに効率的に収納し、幅広く検索、活用可能なデータベース構築を研究する。（概念図）
1. 多様な生体内ペプチド情報の効率的収納法とデータベース構築に関する研究
本研究で得られる基本情報に加え、質量スペクトルデータ、存在量、プロセシング、 生物活性、受容体などの多様な情報を的確に収納、検索可能で、 研究者が自らの成果を登録できるデータベースを開発する。 また、文献データベースなどより効率的に情報を収録する方法も研究する。 （研究分担者）
多岐にわたる生体内ペプチドの属性データを整理、体系化してリレーショナル・ ファクトデータベース化し、収載データの分析、比較による未知機能の予測や 欠落データの類推などの発見的活用が可能な手法を開発する。これらを統合し、 将来得られる新たな属性データをも包含でき、生体内ペプチド研究に適合した機能的データベースを構築する。 （研究分担者）
2. 他のデータベースとの連携に関する研究
本研究で構築する生体内ペプチドに関するファクトデータベースの特徴を生かしつつ、 入力データの表現方法、情報の提供方法、既存データベースとの連携方法などを検討し、 他の国際的データベースと連携して活用可能なデータベースの構築法を研究する。 （研究分担者）